Początki Metropolitalnego Seminarium Duchownego w Lublinie należy łączyć z przybyciem do miasta księży ze Zgromadzenia Misjonarzy św. Wincentego à Paulo. Zakon ten, założony w pierwszej połowie XVII wieku we Francji, zgodnie z myślą założyciela, zajął się organizowaniem diecezjalnych seminariów duchownych i przygotowywaniem młodych kapłanów do pracy duszpasterskiej. W 1698 roku Anna Zbąska, podkomorzyna lubelska uczyniła fundację dla księży misjonarzy w postaci majątku Maciejowice, a w roku 1700 przekazała 26000 złp z myślą o założeniu domu zakonnego w Lublinie. W tym celu zakupiono położoną na przedmieściu lubelskim kamienicę murowaną, zwaną „Suchorabską, wraz z budynkami gospodarczymi i ogrodem. Nazwa kamienicy związana jest z rodziną Suchorabskich, którzy byli właścicielami tych terenów w początkach XVII wieku.

Seminarium położone jest na Wzgórzu Żmigród. W okresie reformacji, we dworze Jana Lubienieckiego, mieścił się tutaj ośrodek wyznawców arianizmu.

W latach 1701-1714, dzięki licznym fundacjom okolicznej szlachty, zwłaszcza zaś Jadwigi Niemyskiej, właścicielki Dysa, uznawanej za właściwą fundatorkę seminarium, zgromadzono potrzebne środki, w oparciu o które 8 października 1714 roku biskup krakowski Kazimierz Łubieński erygował w Lublinie, w budynkach zakonnych, diecezjalne seminarium pod zarządem księży misjonarzy. Fundacja przewidywała obowiązek kształcenia trzech kleryków.

W latach 1714-1730 wybudowano kościół pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego, mający służyć potrzebom domu zakonnego i seminarium. Z okresu budowy kościoła pochodzi skrzydło łączące go z kamienicą „Suchorabską”. Kamienicę tę zdobią niezwykle cenne, wykonane na początku XVII wieku medaliony przedstawiające władców Polski oraz alegorie ich panowania. W latach 1825-1826 budynki seminaryjne zostały otoczone stylowym, neogotyckim murem z ostrołucznymi wnękami, zaś około roku 1890 przystąpiono do budowy dodatkowej, przylegającej do zakrystii kościoła kaplicy, którą wzniesiono z cegły również w stylu neogotyckim.

Największy budynek kompleksu seminaryjnego, tzw. nowy gmach, wzniesiono w latach 1907-1908 dzięki ofiarności wiernych diecezjan i duchowieństwa lubelskiego. Szczególne zasługi miał dla tego dzieła ks. Andrzej Karnicki. Nowe pomieszczenia pozwoliły na przyjęcie większej liczby kandydatów, tak iż rok akademicki 1908/1909 rozpoczęło 108 alumnów. W czasie drugiej wojny światowej gmach seminarium został poważnie uszkodzony. Po pożarze, jaki wybuchł w 1976 roku, do dwupiętrowego nowego gmachu dobudowano etapami dwa kolejne piętra. W latach 1979-1980 wzniesiony został gmach biblioteki, a w latach 1998-2000 powstała wielofunkcyjna aula podziemna.

Metropolitalne Seminarium Duchowne w Lublinie jest spadkobiercą tradycji kilku okolicznych seminariów, które funkcjonowały w ramach dwóch starożytnych diecezji – krakowskiej i łacińskiej chełmskiej. Dotyczy to seminarium prowadzonego przez księży jezuitów, erygowanego w 1675 roku przy lubelskiej kolegiacie pod wezwaniem św. Michała Archanioła, jak również istniejącego od 1640 roku seminarium przy kolegiacie zamojskiej oraz seminarium działającego przy niegdysiejszej katedrze chełmskiej w Krasnymstawie, erygowanego w 1719 roku. W nowo utworzonej diecezji lubelskiej doszło do połączenia dziedzictwa wcześniej istniejących seminariów w ramach jednej instytucji, która od 17 czerwca 1808 roku nosiła nazwę: Seminarium Duchowne Lubelskie.

Trudnym i przełomowym czasem w dziejach seminarium okazał się rok 1864, gdy władze carskie w ramach represji po powstaniu styczniowym dokonały kasaty większości klasztorów w Królestwie Kongresowym, w tym także likwidacji lubelskiego domu Zgromadzenia Księży Misjonarzy. W konsekwencji seminarium lubelskie przeszło trwale pod zarząd duchowieństwa diecezjalnego. W wyniku decyzji rosyjskich władz zaborczych zniesiona została wkrótce potem sąsiednia diecezja podlaska, co skutkowało włączeniem jej struktur do diecezji lubelskiej, a także zamknięciem w 1867 roku seminarium w Janowie Podlaskim i przeniesieniem tamtejszych alumnów i profesorów seminaryjnych do Lublina. Połączenie diecezji i seminariów trwało do października 1919 roku.

W latach 1918-1922, w pomieszczeniach seminaryjnych gościł nowo założony Katolicki Uniwersytet Lubelski. W pierwszym roku akademickim studiowało tu 447 osób.

W związku z wybuchem drugiej wojny światowej seminarium zostało zamknięte, a jego budynki zajęły wojska niemieckie. Wznowienie działalności seminarium nastąpiło w styczniu 1942 roku, przy czym zgoda władz okupacyjnych na jego uruchomienie była obwarowana warunkiem urządzenia go poza miastem. Stąd też do kwietnia 1945 roku nauka prowadzona była w domu pozyskanym od sióstr szarytek w Krężnicy Jarej koło Lublina. Z rąk okupanta w czasie wojny zginęło kilku wychowawców, profesorów i alumnów, liczni byli więzieni.

W lipcu 1945 roku seminarium weszło na stałe w skład Wydziału Teologicznego Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. W tym czasie zajęcia odbywały się jeszcze wyłącznie w starym gmachu, ponieważ pozostałe budynki do grudnia 1946 roku zajmowało wojsko.

Od 1965 roku w seminarium lubelskim studiują alumni obrządku bizantyjsko-ukraińskiego z Polski, a od 1990 roku także z Ukrainy. Na wykłady do pomieszczeń seminaryjnych przybywają ponadto klerycy z kilku innych seminariów zlokalizowanych w Lublinie. Są to alumni zamojsko-lubaczowscy, kapucyńscy, mariańscy, ojców białych i paulistów.

Wraz z reorganizacją struktur kościelnych w Polsce w 1992 roku i powołaniem do istnienia metropolii lubelskiej seminarium przybrało nazwę: Metropolitalne Seminarium Duchowne w Lublinie.

W 2014 roku – z udziałem Prefekta Kongregacji Nauki Wiary Kardynała Gerharda Ludwika Müllera oraz Nuncjusza Apostolskiego w Polsce Arcybiskupa Celestino Migliore – seminarium świętowało jubileusz 300-lecia swojego istnienia.

Kościół seminaryjny pod wezwaniem Przemienienia Pańskiego został wzniesiony z fundacji wojewody lubelskiego Jana Tarły według projektu ks. Mikołaja Augustynowicza, superiora misjonarzy lubelskich. Konsekracji świątyni dokonał 13 września 1739 roku biskup Michał Kunicki, sufragan krakowski.

Kościół seminaryjny zbudowany został na planie krzyża greckiego, jest orientowany, z kopułą, z wysoką latarnią zwieńczoną berłem z kulą i krzyżem. Całości planu dopełniają prostopadłościenne aneksy przy przecięciu ramion krzyża, tworzące nawy boczne. Ściany kościoła są rozczłonkowane pilastrami. Dach jest dwuspadowy, kryty miedzianą blachą. Dekorację zewnętrzną ścian kościoła stanowią pilastry. Ściana frontowa i zakończenia naw poprzecznych mają barokowe szczyty zwieńczone krzyżami.

Wyposażenie kościoła jest jednolite, w stylu późnobarokowym. Stanowią je: ołtarz główny, cztery ołtarze boczne, ambona i stalle z warsztatu Jana Eliasza Hoffmana z Puław. W ołtarzu głównym znajduje się obraz Przemienia Pańskiego namalowany przez Szymona Czechowicza, nad nim owalny obraz Boga Ojca, a na zasuwie obraz św. Stanisława Kostki autorstwa Józefa Buchbindera.

Na zakończeniach nawy poprzecznej znajdują się ołtarze z obrazami Matki Bożej z Dzieciątkiem (od strony południowej) oraz św. Barbary (od strony północnej). Na przecięciu nawy głównej i poprzecznej, na prawym filarze, umieszczono ołtarz z obrazem św. Wincentego à Paulo.

Ambonę, usytuowaną na przecięciu naw na lewym filarze, zdobią figury Chrystusa Króla i czterech Ewangelistów. W kościele seminaryjnym znajdują się organy elektromechaniczne, trzydziestogłosowe, dwumanuałowe z pryncypałem w prospekcie.

Do kościoła, od strony zakrystii przylega wybudowana w latach 90. XIX wieku kaplica w stylu neogotyckim, wzniesiona z cegły na planie prostokąta zamkniętego absydą. Z zewnątrz, powyżej linii okien, poprowadzono fryz arkadkowy. Nad jej wnętrzem rozciąga się sklepienie krzyżowo-żebrowe. Kaplica jest obecnie dostosowana do liturgii sprawowanej w obrządku bizantyjsko-ukraińskim, stąd wewnątrz umieszczono ikonostas z malowidłami autorstwa Jerzego Nowosielskiego.

Druga, domowa kaplica, pod wezwaniem Matki Bożej Zawierzenia, znajduje się na drugim piętrze w tzw. nowym gmachu seminaryjnym i jest miejscem modlitwy oraz adoracji Najświętszego Sakramentu.

Metropolitalne Seminarium Duchowne w Lublinie cieszy się opieką dwóch świętych patronów – św. Stanisława Kostki oraz bł. ks. Antoniego Zawistowskiego.

Św. Stanisław Kostka

Św. Stanisław Kostka urodził się w 1550 roku w Rostkowie koło Przasnysza. W wieku 14 lat został wysłany do Wiednia, gdzie pobierał naukę w kolegium jezuickim. Był głeboko religijny, a idąc za głosem odkrytego powołania pragnął na miejscu wstąpić do Towarzystwa Jezusowego. Nie uzyskawszy zgody rodziców, po rozeznaniu woli Bożej udał się pieszo najpierw do Bawarii, a potem do Rzymu, gdzie w 1567 roku na usilną prośbę został przyjęty do nowicjatu. W wieku 17 lat złożył śluby zakonne. Wkrótce potem zmarł na malarię 15 sierpnia 1568 r. Jego ciało spoczywa w kościele św. Andrzeja na Kwirynale.

Kult Stanisława Kostki – jezuickiego kleryka – rozwijał się w Lublinie bardzo intensywnie, o co zabiegali obecni tu od 1582 roku księża jezuici. W roku 1630 miasto obrało go sobie za patrona. Wśród trzech cudów wykorzystanych w 1726 roku przy rzymskiej kanonizacji Stanisława Kostki znalazły się dwa cuda, jakie dokonały się za jego wstaiennictwem w Lublinie. Nic dziwnego, że gdy Stanisław Kostka został wyniesiony do chwały świętych, nowo utworzone w Lublinie seminarium obrało go sobie za szczególnego patrona.

Kiedy w grudniu 1565 roku przebywający w Wiedniu św. Stanisław Kostka ciężko zachorował, protestancki właściciel domu, w którym mieszkał, nie chciał wezwać do niego kapłana. Św. Stanisław miał wówczas wizję św. Barbary z dwoma aniołami, którzy nakarmili go Komunią Świętą. Drugą wizją w czasie choroby było nawiedzenie go przez Matkę Bożą z Dzieciątkiem Jezus. Sceny te znalazły swoje odbicie w wystroju kościoła seminaryjnego, gdzie na zasuwie głównego ołtarza umieszczono obraz św. Stanisława Kostki przyjmującego Komunię Świętą z rąk anioła, zaś w ołtarzach bocznych znalazły się obrazy Matki Bożej z Dzieciątkiem oraz św. Barbary.

Bł. ks. Antoni Zawistowski

Bł. ks. Antoni Zawistowski, to alumn lubelskiego seminarium i jego wicerektor w latach 1918-1929. Urodził się 10 listopada 1882 roku w Święcku-Strumianach na Podlasiu. Szkołę średnia ukończył w Łomży, następnie w 1899 roku wstąpił do Seminarium Duchownego w Lublinie, po czym został skierowany na studia w Rzymskokatolickiej Akademii Duchownej w Petersburgu. Tam w 1906 roku przyjął święcenia kapłańskie. Posługiwał jako wikariusz w parafii katedralnej w Lublinie. Był także wykładowcą teologii i wychowawcą w seminarium, przez dekadę pełniąc funkcję wicerektora. Ze względu na prowadzoną z oddaniem wśród mieszkańców miasta działalność charytatywną zwano go powszechnie „jałmużnikiem”. Doceniony przez ówczesną władzę diecezjalną otrzymał tytuł kanonika.

Po wybuchu drugiej wojny światowej, w dniu 17 listopada 1939 roku został wraz z lubelskimi biskupami i gronem kapłanów aresztowany przez Gestapo i osadzony w więzieniu na Zamku Lubelskim. Pod fałszywymi zarzutami sąd niemiecki skazał go na śmierć. Wyrok zamieniono następnie na dożywotnie więzienie. Dnia 4 grudnia 1939 roku został przewieziony do obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen, a 14 grudnia 1940 r. do obozu w Dachau. Umacniał współwięźniów, a torturowany, wykazywał się postawą heroiczną. Świadomie oddał życie za wiarę, Kościół i Ojczyznę. Okrutnie pobity zmarł z wycieńczenia 4 czerwca 1942 roku. Jego ciało zostało spalone w obozowym krematorium.

Ojciec Święty Jan Paweł II beatyfikował go w dniu 13 czerwca 1999 roku w Warszawie, w gronie 108 polskich męczenników drugiej wojny światowej. Liturgiczne wspomnienie błogosławionego obchodzone jest 4 czerwca. Z tej okazji seminarium organizuje w swoich murach dzień otwartych drzwi dla wszystkich chętnych do odwiedzenia naszej wspólnoty, która obrała sobie bł. ks. Antoniego Zawistowskiego za patrona.

Przed seminaryjną furtą znajduje się skwer, który od 2014 roku nosi imię bł. ks. Antoniego Zawistowskiego. Portret patrona seminarium został umieszczony w seminaryjnym refektarzu.